En el sótano de un museo, una tarde del año 1914, el joven Milo Thatch soñaba despierto: "¡Si pudiera descubrir la fabulosa ciudad de la Atlántida, sumergida en el mar hacía siglos y que su abuelo Thaddeus tanto había buscado!"

Para ello, debía encontrar ante todo un libro, el Diario del Pastor, y luego organizar una expedición...

Pero, ¿de dónde sacar el dinero para semejante aventura?

Milo estaba de suerte. el multimillonario Preston Whitmore le mandó llamar. ¡Tenía el Diario del Pastor!

-Sí, Milo. Tu abuelo me lo envió. Voy a financiar una expedición para encontrar la Atlántida y quiero que vayas en ella. ¡Nadie sabe más que tú de esa ciudad, porque incluso conoces el idioma de sus antiguos habitantes! ¡Te necesito!

Milo se sintió feliz.

En el submarino Ulysses, los expedicionarios se dirigieron a un punto del fondo del mar. Pero el Leviatán, una especie de gigantesca langosta mecánica, ¡les atacó!

Los supervivientes acabaron en una enorme cueva en la que podían respirar. El comandante Rourke pasó  revista al grupo: su ayudante Helga, Mole, Vinny, la señora Packard, Cookie, Audrey, el doctor Sweet, Milo...

Se adentraron en la cueva, y al cabo de varios días divisaron una extraña ciudad: ¡la Atlántida! Al acercarse, unos guerreros les cerraron el paso. Los mandaba la princesa Kida. Milo habló con ella, y Kida comprendió que el muchacho era bueno. Entonces confió en él y llevó a todos ante su padre, el rey.

El rey, muy anciano, desconfiaba de los expedicionarios. ¡Y con razón! Cuando Kida enseñó a Milo el extraordinario  lugar, Rourke y Helga mostraron sus verdaderas intenciones: ¡querían apoderarse del Cristal Madre, la fantástica fuente de misteriosa energía que permitía la vida en la Atlántida! ¡Con él serían ricos!

Rourke y Helga obligaron a Kida y Milo a seguirles hasta el corazón de la Atlántida. El joven protestó: -¡Si os lleváis el Cristal Madre, todos morirán!

Rourke no hizo caso. Llegaron ante la fuente de energía. Entonces del Cristal Madre salieron unos rayos de luz azul. Los rayos alcanzaron a Kida, la absorbieron y la cristalizaron. De ese modo la princesa se sacrificaba para tratar de salvar a su pueblo.

El malvado Rourke metió a la cristalizada Kida en una cápsula metálica que ató a un globo, y se dispuso a salir con los expedicionarios por un volcán. Cuando Milo se opuso, le golpeó y le dijo que él se quedaría allí. Entonces los demás reaccionaron. Habían ayudado a Rourke  sin saber lo malvado que era, pero no estaban dispuestos a dejar a uno de los suyos condenado a una muerte segura.

Helga y Rourke siguieron adelante con sus planes.

No les importaba haberse quedado solos: así obtendrían más dinero. Milo fue a ver al rey para contarle lo que había pasado. El anciano, moribundo, dio al joven su propio cristal -el mayor regalo que un atalante podría hacer- y le dijo :

-Salva la ciudad y a mi hija. Recupera el Cristal. Milo sintió entonces que una gran fuerza le invadía.

Rápidamente Milo convenció a sus compañeros y, con varios Altantes, montaron en unas máquinas voladoras con forma de pez.

-¡Adelante! -gritó el muchacho-. ¡Hay que detener a Rouke y salvar la Atlántida! 

La flota avanzó a toda velocidad hacia el globo que se llevaba a Kida.

Al ver llegar la flota voladora, Rourke arrojó a Helga de la barquilla para elevarse más deprisa, pero fue detenido por el grupo. Después hubo una lucha terrible entre Milo y él. Al intentar golpear al joven con un hacha, Rouke abrió una brecha en la cápsula donde  estaba Kida. Milo metió un trozo de escalera en el Cristal y tocó con él a Rourke. ¡Y Rourke se convirtió en cristal! Después,aquel tipo duro, ¡se deshizo en multitud de trocitos! 

La cápsula reventó y apareció Kida en el aire con forma humana. Llevaba un brazalete: el que había tenido de niña y que su madre se había llevado cuando se sacrificó ella también, por su pueblo.

Los expedicionarios decidieron guardar el secreto sabre aquella maravillosa ciudad y regresaron con el señor Whitmore. ¿Todos? No. Milo se quedó con Kida. Y ambos mandaron levantar la estatua del último rey, para que cuidara de la Atlántida.