El Panteón de San Fernando, también conocido como el Panteón de los Hombres Ilustres. Es uno de los cementerios más antiguos de la ciudad, representativo de la arquitectura y arte funerario del siglo XIX en México. Es el destino final de los restos de grandes hombres de la historia de México, como Benito Juárez. Se dice que sus espíritus pasean libremente por el cementerio todas las noches.

El cementerio empezó a funcionar en 1713, año en que se fundó el convento. Estaba destinado a sepultar a los frailes, pero más tarde comenzó a enterrarse en él a personas de la aristocracia y en 1835 fue declarado común y público debido a la fuerte epidemia de cólera que azotó a la población, aunque se les prohibió el entierro. San Fernando se ha convertido en un novedoso museo a partir del 31 de mayo del 2006.

Durante muchos años, era común que los muertos fueran sepultados dentro de las iglesias, detrás de los muros o debajo del suelo, apenas cubiertos con tablas de madera y casi al nivel de la superficie, lo que producía muy malos olores y espectáculos muy desagradables para los visitantes de templo. Poco a poco se fue evitando la sepultura de cadáveres dentro de la iglesia y se comenzó a utilizar el espacio del atrio frente a la puerta. Hoy es la explanada del museo, ahí se montan las exposiciones, las presentaciones de libros y las obras de teatro. Así que mientras camina debajo de sus pies hay miles de restos humanos.

Se conocen relatos de varios trabajadores que aseguran haber tenido interacción con el mundo de los aparecidos, han observado sombras y sentido presencias que se desvanecen rápidamente. Por la noche han visto gente y luces que se mueven entre las tubas. Se cuenta también sobre el avistamiento de una mujer de negro, robusta, blanca de 35 a 40 años. Esa mujer no habla y se mantiene quieta, parada muy rígida. Se queda mirando fijamente y su rostro comenzó a cambiar, se le arrugó la cara, se le hundieron lo ojos y comenzó a gritar de una forma muy rara.

En ocasiones se encuentran objetos muy utilizados para trabajos de brujería, e incluso hay gente que llega hasta ese sitio por tierra, para supuestos hechizos. Se ha visto a un hombre de edad caminando por el panteón apoyado de un bastón, relacionada con Don Juan, que se dice fue a parar a la fosa común y quizá esté penando por la funesta suerte de sus restos.

La señora Martha Guzmán Mendoza, tiene una fotografía de una figura con tonos rojizos, parece ser una mujer, de pie a un lado derecho en la puerta en donde está ubicada la oficina del cementerio. Se puede observar al espectro, entre dos árboles a plena luz del día.

Se especula que podría tratarse del espíritu de Dolores Escalante, de una familia conservadora, la novia de Lafragua, un liberal. Tuvieron amores difíciles, el padre de ella la comprometió en dos ocasiones, sin concretar. Entonces ella y Lafragua prepararon la boda, pero Dolores fue víctima mortal de la epidemia de cólera. Lafragua, desconsolado, la enterró en San Fernando. Cuando el murió, 25 años después, lo enterraron en la misma tumba de su novia. Cuentan que en las noches el fantasma de Dolores Escalante se aparece flotando por encima de su tumba.